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1.城建税按减免后实际缴纳的“三税”税额计征，即随“三税”的减免而减免。
2.对于因减免税而需进行“三税”退库的，城建税也可同时退库。
3.海关对进口产品代征的增值税、消费税，不征收城建税。
4.对“三税”实行先征后返、先征后退、即征即退办法的，除另有规定外，对随“三税”附征的城建税和教育费附加，一律不退（返）还。
5.对国家重大水利工程建设基金免征城建税。

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每年的第一个纳税申报期结束后，对上一年度总分机构汇总纳税情况进行清算。总机构和分支机构年度清算应交增值税，按照各自销售收入占比和总机构汇总的上一年度应交增值税税额计算。分支机构预缴的增值税超过其年度清算应交增值税的，通过暂停以后纳税申报期预缴增值税的方式予以解决。分支机构预缴的增值税小于其年度清算应交增值税的，差额部分在以后纳税申报期由分支机构在预缴增值税时一并就地补缴入库。