总体是看一下母子公司和总分公司的区别，如果确定是分公司，不是独立法人，不能独立承担民事责任，就按照总分公司相关规定执行。依据《公司法》和《企业所得税法》《增值税暂行条例》等相关规定，如果是与总公司签合同或者在总公司授权内签订的合同，总公司开发票是合规的，增值税等流转税是属地原则，企业所得税不容易分开，统一计算，省内、跨省就按一定方式分摊。根据《公司法》第十四条　公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。
根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第二十二条增值税纳税地点的规定：总机构和分支机构不在同一县(市)的，应当分别向各自所在地主管税务机关申报纳税;经国家税务总局或其授权的税务机关批准，可以由总机构汇总向总机构所在地主管税务机关申报纳税。
依据《中华人民共和国企业所得税法》第五十条规定，居民企业在中国境内设立不具有法人资格的营业机构的，应当汇总计算并缴纳企业所得税”。具体根据《国家税务总局关于印发《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》的公告》（国家税务总局公告2012年第57号）规定进行缴纳。