老板名下注册了两个公司,一个是有限公司查账征收,一个是经营部核定征收。如注销有限公司,把有限公司的债权债务转到经营部,两个公司之间通过转让协议处理,能行吗?他们双方又会涉及到哪些税呢,账务怎么处理呢?