战略联盟的管控之订立协，发生纠纷时往往是联盟之间自行商议解决。
1、严格界定联盟的目标。一些失败的联盟往往是由于协议签订得过于模糊，既没有清楚地指出联盟目标和范围，也没有严格指出企业之间将如何利用合伙人的互补优势等，因而造成了联盟的形同虚设或者解散。
2、周密设计联盟结构。由于战略联盟是两家（或几家）企业各自以独立企业的身份在市场上进行合作，如果不能周密地设计联盟结构，可能会使合作难以奏效。
3、准确评估投入的资产。准确评估联盟各方的资产与资本投入是非常重要的。在评估过程中，最容易忽略的是无形资产或资本的投入。
4、规定违约责任和解散条款。在联盟协议中，应规定联盟各方的违约责任和解散条件。协议中应该包括一个重大变化的条款，也就是当联盟各方遭遇不可抗力事件、国家经济政策变化等情况时，应在联盟协议中规定协议变更或解除的处理方法，以免发生纠纷。
