先看一道例题：

【例题】一般纳税人从农民手中购进免税农产品用于生产饼干，收购发票上注明买价80000元，为运输该批货物支付运费，取得了税务机关代开的增值税专用发票，上面注明运费1000元。计算允许抵扣的进项税额和采购成本。

答案：

进项税额＝80000×10%＋1000×3%＝8030（元）

采购成本＝80000×（1-10%）＋1000＝73000（元）

本题中非常显而易见的知识点为：

1、取得（开具）农产品销售发票或收购发票的，以农产品销售发票或收购发票上注明的农产品买价和9%的扣除率计算进项税额。（如果是直接从农业生产者手上购买的免税农产品，可以计算抵扣进项税）

2、纳税人购进用于生产销售或委托受托加工13%税率货物的农产品，按照10%的扣除率计算进项税额。

还有一个隐藏的知识点：税务机关代开的增值税专用发票，适用征收率而不是税率。

因为，正常情况下，找税务机关代开增值税专用发票的为小规模纳税人，一般纳税人是自己开具增值税专用发票的（目前小规模纳税人可以自愿选择自行开具增值税专用发票，也可以找税务机关代开增值税专用发票）。

国家税务总局《关于印发〈税务机关代开增值税专用发票管理办法（试行）〉的通知》（国税发[2004]153 号）规定，已办理税务登记的小规模纳税人（包括个体经营者），以及国家税务总局确定的其他可予代开增值税专用发票的纳税人，可以申请代开专用发票。

因此，本题中计算运费的进项税额时，是用1000×3%（征收率），而不是1000×9%（税率）。

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