老板名下注册了两个公司，一个是有限公司查账征收，一个是经营部核定征收。如注销有限公司，把有限公司的债权债务转到经营部，两个公司之间通过转让协议处理，能行吗？他们双方又会涉及到哪些税呢，账务怎么处理呢？