尽管都用于提供决策支持，但EIS和DSS仍有一些本质的区别：
（1）所解决问题的特点不同。高层管理要应对企业面临的各种环境挑战，EIS的目标是用来帮助高层经理解决他们所面临的不断变化的各种管理和决策问题；DSS则用来辅助一个或一群决策者解决一类特定的，往往是重复出现的半结构化或非结构化问题。
（2）设计导向不同。DSS是以问题为导向的，设计目标是为了解决重复出现的某一类决策问题，一般需借助模型进行问题的解决；EIS则是以决策者为导向，必须充分考虑决策者的个体特点偏好及其所面临的不断变化的环境，系统更多以图形的方式来表示各类信息，且应集成通讯功能和日程安排功能。
（3）系统的复杂性不同。DSS将数据处理和复杂的分析模型结合起来进行半结构化或非结构化问题的解决，必须具有较强的适应性，因此一般来说DSS比较复杂；而高层经理不可能有太多时间花费在这么复杂系统的使用上，因此EIS相对简单。