1、基本规定：
自2012年7月1日起，以购进农产品为原料生产销售液体乳及乳制品、酒及酒精、植物油的增值税一般纳税人，纳入农产品增值税进项税额核定扣除试点范围，其购进农产品无论是否用于生产上述产品，增值税进项税额均按照核定扣除试点实施办法抵扣，不再凭增值税抵扣凭证抵扣。
2、以购进农产品为原料生产货物
（1）投入产出法：参照国家标准、行业标准确定销售单位数量货物耗用外购农产品的数量（即：农产品单耗数量）
当期允许抵扣农产品进项税额=当期农产品耗用数量×农产品平均购买单价×扣除率÷（1+扣除率）（扣除率为销售货物的适用税率，下同）
当期农产品耗用数量=当期销售货物数量×农产品单耗数量
（2）成本法：依据试点纳税人年度会计核算资料，计算确定耗用农产品的外购金额占生产成本的比例（农产品耗用率）
当期允许抵扣的农产品进项税额=当期主营业务成本×农产品耗用率×扣除率÷（1+扣除率）
农产品耗用率=上年投入生产的农产品的外购金额÷上年生产成本
（3）参照法：新办的试点纳税人或者试点纳税人新增产品的，可参照所属行业或生产结构相近的其他试点纳税人确定农产品单耗数量或者农产品耗用率。
3、购进农产品直接销售的：
2018年5月1日之后：
当期允许抵扣农产品增值税进项税额=当期销售农产品数量÷（1-损耗率）×农产品平均购买单价×10%÷（1+10%）
损耗率=损耗数量÷购进数量。
4、购进农产品用于生产经营且不构成货物实体的：
当期允许抵扣的农产品进项税额=当期耗用农产品数量×农产品平均购买单价×适用税率÷（1+适用税率）
（1）2017年7月1日之前，适用税率=13%，用于生产销售或委托加工17%税率货物的农产品适用税率=13%
（2）2017年7月1日至2018年4月30日，适用税率=11%，用于生产销售或委托加工17%税率货物的农产品适用税率=13%
（3）2018年5月1日以后，适用税率=10%，用于生产销售或委托加工17%税率货物的农产品适用税率=12%