专用基金是指事业单位按照规定提取或设置的具有专门用途的净资产，主要包括职工福利基金、科技成果转换基金等。事业单位在财务会计下应当设置“专用基金”科目，核算专用基金的取得和使用情况。事业单位从本年度非财政拨款结余或经营结余中提取专用基金的，在财务会计“专用基金”科目核算的同时，还应在预算会计“专用结余”科目进行核算。
1.专用基金的取得
| 在财务会计中 | 同时在预算会计中 |
| ①事业单位根据有关规定从预算收入中提取专用基金并计入费用的： 借：业务活动费用 贷：专用基金 | |
| ②单位根据有关规定设置的其他专用基金（如留本基金），按照实际收到的基金金额： 借：银行存款 贷：专用基金 | |
| ③年末，事业单位根据有关规定从本年度非财政拨款结余或经营结余中提取专用基金： 借：本年盈余分配 贷：专用基金 | 借：非财政拨款结余分配 贷：专用结余 |
| 在财务会计中 | 同时在预算会计中 |
| ①事业单位按照规定使用提取的专用基金时： 借：专用基金 贷：银行存款 | 借：专用结余（使用从非财政拨款结余或经营结余中提取的专用基金） 事业支出（使用从预算收入中提取并计入费用的专用基金） 贷：资金结存——货币资金 |
| ②单位使用提取的专用基金购置固定资产、无形资产的，按照固定资产、无形资产成本金额： 借：固定资产、无形资产 贷：银行存款 同时，按照专用基金使用金额： 借：专用基金 贷：累计盈余 | 借：专用结余（使用从非财政拨款结余或经营结余中提取的专用基金） 事业支出（使用从预算收入中提取并计入费用的专用基金） 贷：资金结存——货币资金 |