从31号公告第七条的原文来看，「纳税人提供建筑服务，按照规定允许从其取得的全部价款和价外费用中扣除的分包款，是指支付给分包方的全部价款和价外费用。」

笔者认为，此处的分包款差额扣除，既包括简易计税计算销售额时的差额扣除，也包括提供建筑服务需要预缴增值税时的差额扣除。具体而言包括如下九种情形：

1、一般纳税人为老项目提供建筑服务，选用简易计税方法计税，以收取的全部价款和价外费用扣除支付的分包款后的余额为销售额，按照3%的征收率计算缴纳增值税。

2、一般纳税人以清包工方式建筑服务，选用简易计税方法计税，以收取的全部价款和价外费用扣除支付的分包款后的余额为销售额，按照3%的征收率计算缴纳增值税。

3、一般纳税人为甲供项目提供建筑服务，选用简易计税方法计税，以收取的全部价款和价外费用扣除支付的分包款后的余额为销售额，按照3%的征收率计算缴纳增值税。

4、建筑工程总承包单位中的一般纳税人为房屋建筑的地基与基础、主体结构提供工程服务，建设单位自行采购全部或部分钢材、混凝土、砌体材料、预制构件的，适用简易计税方法计税，以收取的全部价款和价外费用扣除支付的分包款后的余额为销售额，按照3%的征收率计算缴纳增值税。

5、小规模纳税人提供建筑服务，以收取的全部价款和价外费用扣除支付的分包款后的余额为销售额，按照3%的征收率计算缴纳增值税。（差额以后如果满足月销售额不超过10万元，免征增值税）

以上1-5等五种情形，均为简易计税应纳税额的确定，实务中是通过填报增值税纳税申报表实现的差额扣除，一般纳税人填报附列资料（三），小规模纳税人填报附列资料。其中对于小规模纳税人而言，差额以后如果满足月销售额不超过10万元，免征增值税。

既然是通过纳税申报环节实现，那肯定是以纳税人为单位，而不是以项目为单位进行差额扣除的。

会计核算方面，向分包方支付的全部价款和价外费用÷（1+3%）×3%，即为应纳税额扣除金额，一般纳税人将此金额计入「应交税费—简易计税—扣除增值税」科目借方，小规模纳税人计入「应交税费—应交增值税」科目借方，同时冲减分包成本。

6、一般纳税人跨地级行政区提供建筑服务，适用一般计税方法计税的，以取得的全部价款和价外费用扣除支付的分包款后的余额，按照2%的预征率计算应预缴税款。

7、一般纳税人跨地级行政区提供建筑服务，选用或者适用简易计税方法计税的，以收取的全部价款和价外费用扣除支付的分包款后的余额，按照3%的征收率计算应预缴税款。

8、小规模纳税人跨地级行政区提供建筑服务，以取得的全部价款和价外费用扣除支付的分包款后的余额，按照3%的征收率计算应预缴税款。

9、纳税人提供建筑服务取得预收款，应在收到预收款时，以取得的预收款扣除支付的分包款后的余额，按照规定的预征率预缴增值税。

适用一般计税方法计税的项目预征率为2%，适用简易计税方法计税的项目预征率为3%。

以上6-9等四种情形，均为预缴税款基数的确定，实务中是通过填报《增值税预缴税款表》实现的。其中对于小规模纳税人而言，差额以后如果满足月销售额不超过10万元，免于预缴增值税。

既然是通过预缴税款环节实现，那肯定是以项目为单位，而不是以纳税人为单位进行差额扣除的。